Maskapai Lion Air bersamaan dengan sebagian besar maskapai penerbangan Indonesia lainnya, Lion Air (termasuk anak perusahan Lion Air, Wings Air) berada dalam daftar maskapai penerbangan yang dilarang terbang di Uni Eropa karena alasan keamanan pada Februari 2012.
Maskapai Lion Air didirikan pada Oktober 1999 dan memulai operasi pertamanyai pada tanggal 30 Juni 2000, dimana maskapai penerbangan ini melayani penerbangan penumpang berjadwal antara Jakarta dan Pontianak dengan menggunakan sebuah Boeing 737-200 yang disewa. Maskapai penerbangan Lion Air dimiliki oleh Rusdi Kirana dan keluarganya.
Pada 11 September 2012, Lion Air dan National Aerospace & Defence Industries Sdn Bhd (Nadi) menyepakati nota perjanjian JV untuk mendirikan maskapai penerbangan baru di Malaysia, yang diberi nama Malindo Airways pada Mei 2013. Kedua mitra ini juga sepakat untuk membentuk JV lain untuk memberikan layanan maintenance pesawat untuk semua pesawat di Grup Lion Air, termasuk maskapai penerbangan patungan diantara kedua mitra.
Pada 18 Maret 2013, Lion Air melakukan kontrak pembelian 234 pesawat Airbus senilai US$ 24 miliar atau sekitar Rp 233 triliun di Perancis dan disaksikan langsung oleh Presiden Prancis Francois Hollande. Ke 234 pesawat yang dipesan adalah jenis A320 dan A321.
