Festival danau Kelimutu ini telah dimulai sejak 2012, namun saat itu masih digabung dengan festival Festival Florata, yaitu Festival Flores Lembata. Festival florata bekerja sama dengan Kabupaten lembata, dan pelaksanaannya bergantian antara Ende dan lembata.
Festival Danau Kelimutu 2013 diselenggarakan selama dua hari yang lokasinya berpusat di Stadion Marilonga, Kabupaten Ende. Kegiatan festival danau Kelimutu menghadirkan perlombaan budaya tari dan sendra tari dari para siswa SMP dan SMA, lomba trekking menuju Kelimutu, serta pameran ukm dan kerajinan.
